Bunlardan birisi sterik kısıtlama denilen olaydır. Yapılarından da anlaşılacağı gibi pürin ve pirimidin bazlarının uzayda kapladıkları yer farklıdır. Pirimidin bazları (C ve T) pürin bazlarından (A ve G) daha küçüktür. Buna karşılık iki polinükleotid zincirin şeker – fosfat omurgasının oluşturduğu sarmal yapıda eşleşme yapan baz çiftlerine bağlanan glikozidik bağlar arasındaki uzaklık DNA molekülünün her yerinde 10.85 Å dür. Bu mesafenin dolayısıyla da DNA'nın stabilitesinin korunması için daima bir pürin ile bir pirimidin bazının eşleşmesi gerekmektedir.
İkinci bir sebep ise H bağları oluşumu gereksiniminin kısıtlaması. Pürin ve pirimidin bazlarındaki H atomları iyice belirlenmiş pozisyonlarda bulunurlar. Bazlar arasında sıkı bir etkileşim sağlamak için, H bağlarının yönelimleri ve uzaklıkları ancak adenin ile timin ve guanin ile sitozin arasında olmaktadır. Buna göre, pürin ve pirimidinler arsındaki baz eşleşmesi; daha da özgül olarak sadece adeninle timin ve guaninle sitozin arasında meydana gelir. Bir DNA molekülünün açık yapısı şekil 9 da gösterilmiştir.
Yukarıda açıklanan nedenlerden dolayı bir DNA sarmalının çapı yaklaşık 2 nm (20 Å) olarak sabit kalmıştır. DNA molekülü sağa doğru dönümler yaparken dönümler sırasında zincirlerdeki bazları şeker halkalarına bağlayan glikozidik bağlar tam olarak karşı karşıya gelmezler. Bunun sonucu olarak, çift sarmalın şeker fosfat omurgaları eksen boyunca eşit aralıklı yer kaplamazlar ve omurgalar arasında oluşan olukların boyutları eşit değildir. Daha derin olana büyük oluk, diğerine ise küçük oluk denir (şekil 10).
Nükleotidlerin bazları molekülün omurgasının iç kısmında bulunur. Bazların konumları sarmalın eksenine dik durumdadır. Birbirine komşu baz çiftlerinin dönümleri arasındaki uzaklık 3.4 Å dür. Ayrıca her baz çifti komşusuna göre 36º'lik açı yapacak şekilde yerleşmiştir. Buna göre, yaklaşık 10 baz çifti 360º'lik tam bir dönümü tamamlayacağından, her dönümün boyu 34 Å dür (şekil 10).
DNA çift sarmalının genetik açıdan en önemli özelliklerinden birinin ortaya çıkmasını da baz eşleşmelerindeki özgüllük sağlar. Bu özellik DNA molekülündeki iki polinükleotid zincirin birbirinin tamamlayıcısı olmasıdır. Bu kavram bazlar arasındaki eşleşmenin daima A – T ve G – C arasında olmasından kaynaklanır. A ile T'nin ve G ile C'nin birbirini tamamlaması özelliğine göre, bu özgül bazları karşılıklı olarak taşıyan iki zincirin birbirinin tamamlayıcısı olduğu kabul edilir. Buna göre, bir zincirdeki baz dizisi diğerindeki diziyi belirler.
Tamamlayıcılık özelliği, genetik materyalin işlevlerini doğru biçimde nasıl yapabildiğinin açıklaması açısından DNA'nın en önemli temel özelliklerinden biridir.
Çift sarmalın dışta bulunan şeker – fosfat omurgası yüksek derecede negatif yüklüdür. İn - vitro çözeltilerde bu yükler metal iyonlarıyla (örneğin Na ile) nötr duruma getirilir. Fizyolojik koşullarda ise nötr hale getirilme pozitif iyonlarla (katyonlar veya bazik [Linkleri Gormek İcin Uye Olmalısınız. Uye Olmak icin Tıklayınız...]lerle) yapılan etkileşimler sonucu sağlanmaktadır.
DNA Yapısının Biyolojik Anlamı
Hücrenin kalıtım materyalinin iki ayrı görevi olmalıdır. Birincisi, bu materyal kendi kendine çoğalabilmeli; ikincisi, herhangi bir hücrenin yapısı veya görevinde gereken işleri başarabilmelidir.
DNA ipliklerinin birbirini tamamlayıcı olması ve tamamlayıcı bazlar arasında çok özel bağların bulunması aradaki hidrojen bağlarının kendiliğinden meydana gelmesi, DNA'nın yalnız başına kendine benzer yeni bir molekülün oluşmasını sağlar. DNA molekülünün bir yarısı, yeni oluşan molekül için bir kalıp gibi rol oynar. Hidrojen bağlarının meydana gelişi, bir enzimle katalize edilmeksizin, kendi kendine olan bir olaydır. Özel tamamlayıcı bazların seçimi, bu yüzden katalize edilmeye gereksinim göstermez. Fakat nükleotidlerin fosfodiester bağlarla bağlanması bir kovalent reaksiyondur ve enzimatik katalizle gerçekleşir.
DNA'nın ikinci biyolojik görevi, protein sentezinde kullanılmak üzere gerekli bilgiyi sağlamaktadır. Bu bilgi naklinden DNA yapısındaki bazlar sorumludur.
DNA'nın Moleküler Ağırlığı
Bir DNA molekülünün ağırlığı içerdiği baz çift sayısıyla doğru orantılıdır. Nükleik asitler uzun ve dallanmamış moleküllerdir. Çaplarının dar olmasına karşılık boyları çok uzundur. Örneğin 3000 baz çifti (3kb) taşıyan bir DNA parçasının boyu 1 µm dir. Bilindiği gibi DNA'nın çapı 2 nm dir.
Organizmaların yapısı karmaşıklaştıkça içerdikleri genetik materyalin kitlesi genellikle artış gösterir. Bunun temel nedeni, basitten gelişmiş canlılara doğru gidildikçe gen sayısının artmasıdır. Örneğin, SV40 virüsünün 5.2 x 103 baz çiftinden ibaret genomunda sadece 5 – 10 gen bulunur. E. coli genomunda ise yaklaşık 4 x 106 baz çifti vardır. Eğer E. coli'de bir genin ortalama 1000 baz çifti içerdiğini var sayarsak, bu bakteride yaklaşık 4000 gen bulunması gerekir.
DNA moleküllerinin moleküler ağırlıklarını klasik kimyasal metodlarla tam olarak belirlemek oldukça güçtür. DNA moleküllerinin ağırlıklarının ölçülmesinde en çok kullanılan yöntemler şunlardır;
viskozitenin ölçümü
sedimantasyon oranı
elektron mikroskobu ile
otoradyografi
Genelde bu metodların iki veya daha fazlasının bir kombinasyonu kullanılabilir.
DNA moleküllerinin ağırlıkları 106 ile 109 dalton (1 dalton= 1.66 x 10-24 g dır.) değişir. Zaman zaman ağırlıklar 109 da geçebilir.
Değişik türlere ait DNA molekülleri ağırlıkları tablo 4 de verilmiştir.
E. coli 2.2 x 109 1 mm 3 x 106
H. influenzae 8 x 108 300 µm 12 x 105
Bakteriyofaj T2-T4 1.3 x 108 50 µm 2 x 105
Bakteriyofaj λ 33 x 106 13 µm 0.5 x 105
Bakteriyofaj ØX174 1.6 x 106 0.6 µm -
Polioma virüsü 3 x 106 1.1 µm 4.6 x 103
Fare mitokondrisi 9.5 x 106 5 µm 14 x 103
DNA'nın Farklı Biçimleri
Watson ve Crick'in buluşlarından sonra son yıllarda, DNA ipliklerinin X ışını kırılma özelliklerini çalışılmasıyla, DNA'nın hiç değilse 3 yapısal şekilde bulunduğu gösterilmektedir. Watson ve Crick'in yapısal özelliklerini belirlediği DNA, bu gün B – DNA diye isimlendirilir. Farklı yapısal şekildeki diğer DNA'lar ise A ve Z DNA'lardır. Bu farklı organizasyonlar, bazı özel nükleotid sıralarının çift helikse devamlı bir bükülme verebilmesiyle ortaya çıkar. Böylece her bir DNA şekli, hem çift heliksin dışından yalnızca bazlarını eşleştirerek ve hem de bazların iskeletin eksenine göre pozisyonlarındaki ayrıntılarını belirleyerek ayırt edilir. Bu üç tip DNA dışında da farklı özellikte DNA'lar vardır fakat bunlar çok az miktarda bulunduklarından burada incelenmeyecektir.
B – DNA
Hücresel DNA'nın büyük bir kısmı bu gruba dahildir. Şu ana kadar incelediğimiz DNA'da B – DNA'dır. Kısaca tekrar değinmek gerekirse çapı yaklaşık 2 nm olan bu DNA biçiminin her dönümünde yaklaşık 10 baz çifti bulunur. Bazı kaynaklarca bunu 10.5 olabileceği de belirtilmiştir. Sağa dönümler yapan DNA'da baz çiftlerinin düzlemleri sarmalın eksenine dikeydir ve sarmal küçük ve büyük oluklara sahiptir. Düşük iyon yoğunluklu çözeltilerde ve nem derecesi çok yüksek (%92) fibrillerde DNA B biçiminde bulunur. Canlı hücrelerin fizyolojik koşullarına uyum gösterecek DNA biçimi de B – DNA'dır.
A – DNA
Sağa dönümlü ve her dönümde 11 baz çifti bulunan DNA yapısıdır. Baz çiftlerinin düzlemleri eksene göre 20º'lik eğimlidir ve komşu baz çiftleri arasındaki uzaklık 2.7 Å dür. Bu nedenle A – DNA molekülleri B yapısındaki benzerlerinden daha kısa ve geniş çaplıdır (23Å). Küçük oluklarda daha belirgin ve derindir. Sodyum, potasyum veya sezyum iyonları varlığında ve %75 nem içeren fibrillerde DNA A biçiminde bulunur, yani B – DNA'nın dehidratasyonuyla meydana gelir.
Hücrede A – DNA biçiminde bölgelerin bulunup bulunmadığı ve eğer bulunuyorsa işlevi tam olarak bilinmemektedir. Bununla beraber, 2´ OH grubunun B biçiminin oluşmasını engellemesi nedeniyle, RNA'nın çift zincirli bölgelerinin A biçiminde olması gerekir.
Z – DNA
Bu biçimin en ayırt edici özelliği dönüm yönünün sola doğru olmasıdır. Z – DNA dönüm boyu 45.6 Å olan ve dönümlerinde en fazla 12 baz çifti içeren bir yapıya sahiptir; çapı da diğerlerine göre daha dardır (18Å). Şeker – fosfat omurgası sarmal boyunca zikzak bir hareket yaptığı için bu yapı Z – DNA olarak adlandırılır. Z – DNA da sadece tek çeşit oluk bulunur.
Pürin ve pirimidinlerin düzenli olarak birbirini izlediği dizilere sahip DNA'larda, uygun iyon koşullarında, Z biçimi oldukça kolay elde edilmektedir. Ayrıca tekrarlanan GC dizilerinin bulunduğu bölgelerde, özellikle sitozinlerin C5 atomlarına metil grubu eklenmesiyle oluşan 5 – metilsitozinler B – DNA'nın Z – DNA biçimine dönüşmesine yol açmaktadır. Hatta, metillenme pürin - pirimidin tekrarı olmaksızın da aynı sonucu yaratmaktadır.
Z biçimi in - vitro bazı olağan dışı koşullarda elde edilmektedir. Örneğin yüksek tuz yoğunluğu kullanılması nükleotidler arasındaki itme kuvvetini arttırmakta ve Z – DNA'nın dar çaplı yapısını ayarlamaktadır. Z – DNA'nın hücre içindeki oranı henüz bilinmemektedir.
Bu üç tip DNA molekülüne ait bazı ölçüm değerleri aşağıdaki tabloda verilmiştir.
DNA biçimi Baz çifti sayısı/dönüm Dönüm/baz çifti Baz çiftleri arası uzaklık Sarmal çapı
B 10.4 +34.6º 3.38 Å 20 Å
A 11 +34.7º 2.56 Å 23 Å
Z 12 -30.0º 3.71 Å 18 Å
Calladin Kuralları
Chris Calladin 1982'de yaptığı deneysel çalışmalar sonucunda DNA'nın yapısıyla ilgili çeşitli kurallar bulmuştur.Bu kurallar sonucunda Calladin bir DNA yapı modeli ortaya atmıştır.Bu model tamamlanamamıştır çünkü elektrostatik ilişkileri faktörleri ve hidrojen bağlarının hidrasyonunun faktörleri tam olarak bilinmez.
B-DNA Sarmal ekseninin düz olmasına gerek yoktur.Ancak 112 Å'un yarıçapı ile kıvrılabilir.
Kıvrılma açısı p 36 der.'de değişme gösterebilir. Fakat 28 der.'den 43 der. Kadar çeşitlilik gösterebilir.
Pervane dönüşünün sınırları C-G çifti için +11 der. Ve A-T çifti için +17 der.'dir.
Baz çiftleri çarpışmaları azaltarak uzun eksenleri boyunca dönerler.
Şeker kıvrılması C3'-exo'dan O 4'endo ve C2'endo'ya kadar değişiklik gösterir.
Bazlar bölgesel olarak kayarlar ve bu şekilde üst üste çakışırlar. D(TCG) içinde ki burada C-2 , G-3 ile stoğu yükseltmek için sarmal ekseninin arasında hareket eder.
Ave B –DNA'nın polimorfları çift ipliğin yer yer açılmaları ile ve kristal yapıdaki yan çıkışlar açıklıklar ve nanomerik parçalar halinde gözlenir.
DNA EĞRİLMESİ (bending
Ave B tipi birer sarmal arasındaki birleşme sonucu eğri DNA ortaya çıkar. Sarmal ekseninin içinde 26 der.'lik bir eğrilme ile oluşur.Birleşmeler her 5 baz'da bir ve karşılıklı oluşur. Bu eğrilme olayının bir sonucudur ki bu DNA'nın sürekli bir kıvrılmaya sahip olmasını sağlar. Uyumsuz baz çifti eşleşmeleri 2 şekilde olur.
1-Transition mismatch (geçişle yanlış eşleşme)
2-Transversion mismatch (çaprazlama ile yanlış eşleşme)
A,B ve Z formlarında G-T baz çiftlerinde gözlenir.Tipik “wobble”çiftleri oluşur. Bu çiftler anti-anti glikozilik bağlara sahiptir.D(CGCGAATTAGCG)dodecamerin kristalleri bir (anti) G-A (syn) yanlış eşleşmiş baz çiftine sahiptir. Bu eşleşme 2H bağı ile olur. Diziye bağımlı değişiklikler,DNA'nın proteinlerce tanınmasını sağlayan önemli bir faktördür. Buna göre şöyle bir sonuca varılabilir. DNA yapısal olarak diğer makromoleküllerle ilşki kuracak şekilde evrim geçirmiştir. Buna göre serbest doğrusal DNA sarmalı biyolojik olarak en uygun yapıdır.
Kaymış (Slipped) Yapılar
Doğrudan dizilerde oluşurlar ve önemli düzenleyici bölgelerin üst taraflarında yer alırlar.Tanımlanan yapılar tek iplikli nükleazların dokuları ile uyumlu olmakla beraber iyi bilinmemektedir.
Pürin-pirimidin ekleri
Bunlar düşük sıcaklıklarda büyük girintiler de , baz çiftleşmesinde uzun aralıklı , dizilere bağımlı tekil baz kaymaları ile alışılmışın dışında yapılar oluşur.
Anizomorfik DNA
Bu doğrudan tamirle alışılmadık fiziksel ve kimyasal özellikleri olduğu bilinen viral DNA'nın eklem bölgelerindeki dizilerle ilgili DNA yapılarına verilen addır. İki birbirini tamamlayıcı iplik değişik yapılara sahiptir. Bu negatif süpercoillerde ortaya çıkan kıvrılmaların gerilimi altında görülen, dizi merkezlerinde meydana gelen ardışık yapısal kırıklara yol açar.
S
aç tokası şeklindeki ilmekler(Hairpin loop)
Bunlar ters dönmüş tamamlayıcı diziler sahip parçaları olan tekil oligonükleotid iplikleri tarafından oluşturulur.Örneğin 16-merd (CGCGCGTTTTCGCGCG)hekzamer tekrarına sahiptir ve onun kristal yapısı 4T'li ilmeği olan hairpin ve bir Z DNA hekzamer gövdesi gösterir. B u ters dönmüş diziler DNA dupleksinde yer aldıkları zaman haç formunun oluşumu için gerekli koşullar meydana gelmiş demektir.